1 - Exacto, no quedaría ni rastro del root y te queda como si lo hubieses sacado de la caja precintada XD
2 - Sin el código que te dan en la página de Sony es imposible abrir el bootloader, sin embargo te recomiendo que igualmente hagas el backup, por si algun día se te da por abrirlo ;)
3 - sea con flashtool o con la herramienta de backup ta, restauras todo y queda cerrado, como si nada hubiese pasado (sin embargo lee con atención lo que te dice sony al pedir el código, quedas "registrado" y pueden no tramitar la garantía)
4 - si solo quieres root, no hace falta nada más
5 - una vez tienes root CREO que si actualizas con OTA te quedas con un bonito bootloop, por lo que dependes de poner un recovery y flashear desde ahí, o en su defecto, usar una app que rootea y desrootea el móvil para poder actualizar por OTA
6 - puedes poner la que quieras, pero por OTA solo te va a llegar las actualizaciones de la que estés usando