Cuando se flashea un custom recovery es esencial hacer primero un "fastboot erase cache" y despues flasheas el recocery (twrp en tu caso), hicistes eso?
Pudiera ser que si no lo hicistes entonces el Twrp no te esta flasheando bien las cosas.
Por otra parte puedes volver a flashear el Super Su desde recovery y probar que tal funciona esta vez.
Por ultimo si nade de lo de arriba funciona prueba haciendo wipes (solo de cache, dalvik, data, se perderan todos los datos en la sd interna del phone y tus aplicaciones pero puede corregir el problema.
Trata esto y si no te funciona aun hay otra posible solucion pero no creo que llegues a ocuparla...
El S-On no tiene nada que ver en tu caso.