Es una pena.. y en realidad es que no entiendo porque te pasa eso compañero.. Porque a muchos de nosotros no nos ocurre. Es verdaderamente raro. Podrías poner el número de compilación que llevas instalado, además la versión de whatsapp que tienes instalada. Según he estado leyendo, a veces sucede esto, y también he visto que si el problema persiste, una solución viable y efectiva 100% es que te hagas root e instales push notifications fixed, lo configuras cada cuantos minutos quieres que te avise de las notificaciones de whatsapp y listo.
EDITO: acabo de recordar que hace unos días tuve instalado un launcher que se llama APUS, y casualmente le puedes instalar una app a parte que se llama APUS notification que es para que te muestre las notificaciones de face y de whatsapp entre otros, prueba con eso a ver si no quieres liarte mucho.