Yo uso ADW.Launcher. Una de las funciones que tiene es que te permite crear grupos de programas para el launcher. No es exactamente lo que quieres, ya que no creas un icono de carpeta donde metes los programas, sino que creas grupos y cambias de grupo mediante el control inferior, pero igual te sirve.
Yo tengo un grupo con los programas que uso y así me quito de en medio los 4 accesos directos que hay para Maps (Latitude, Lugares, Maps y Navigation), con uno basta; los dos iconos de búsqueda (buscar Google y búsqueda de voz), teniendo un botón siempre visible no necesito los iconos, etc.