Eso es porque no la descomprimes. Intenté hacerlo así, pero la librería de java de zip tiene un problema con las aplicaciones (los directorios META y demás no están listados en las entradas del zip, por lo que da exception al intentar descomprimir) así que tuve que hacer un programa para descomprimir desde cero. De todas formas, agradecería que me mandases por privado cuando puedas (sin estresarse, que ya ves que hay programa por hacer para rato) un informe detallado de cómo haces las traducciones, porque eso de las classes.dex o el smali no tengo muy claro qué es
. Así a ver si puedo aunar todo en un mismo programa.