Te reinstala por completo todo el sistema, por lo que vuelve al recovery de fábrica y el root ni idea, porque mi rom viene ya en opciones de seguridad
, pero si usaste el framaroot o algo así no permanecerá, pero bueno, realmente eso es lo de menos, lo primero que funcione.
Una vez hecho esto, para rootearlo debería funcionarte bien el framaroot si no viene en la rom. Y para el recovery te aconsejaría intalarlo desde mobileuncle.
Saludos