Llevas activada la sincronización de whatsapp en ajustes y cuentas? Ve también a los ajustes/aplicaciones protegidas y selecciona entre ellas whatsapp si no lo tienes ya, dado que así está operativo aún quedar bloqueado el terminal.
El launcher necesariamente no tiene nada que ver con el problema, aunque Nova ya te anticipo que fluye 100%, y llevo años utilizando sus versiones.