La pregunta es, porque whatsapp no funciona y si gmail, muy "sencillo", whatsapp utiliza su propio sistema de notificaciones PUSH, sin embargo gmail utiliza el sistema nativo de android, este sistema no le pueden parar,
sin embargo si te cargas el proceso de whatsapp, como hace la aplicación de seguridad se acabaron las notificaciones, lo mismo con todas las aplicaciones que no tengan notificaciones nativas PUSH.
