Primero tenía 5.4.0 instalada con full wipe, utilizando el recovery Philz touch último, concretamente la opción que tiene de instalar nueva ROM. Luego,cuando salió la 5.4.1, flashee el recovery TWRP, hice los wipes cache, dalvik y system, flashee ROM, flashee las gapps y reinicié. con esto no tuve que instalar ningun programa de nuevo ni perdí datos ni nada. No obstante, si vienes de una versión anterior a la 5.4.0 o de otro ROM deberías hacer un full wipe (factory reset, cache, dalvik, system, preload y data).
Por cierto que la opción de wipe preload en este recovery no la encuentro.

