Eso me ha pasado a mi, prueba lo siguiente (a mi me funcionó)
Si tienes el SetCPU, prueba a tener los perfiles desactivados y si los quieres dejar activados, ponlos que sean todos Conservative, tanto en los perfiles como en el main menu.
Lo que tambien he hecho (se suele hacer en Linux/UNIX) es "reparar permisos" es (sin ser lo mismo) parecido a la desfragmentacion en windows...
yo en el Mac lo hago 1 vez al mes y en el movil, cada vez que instalo ROM y trasteo con las configuraciones, cuando he acabado entro en RomManager y seleccionas "Reparar Permisos"
Espero que te funcione
SALu2