Yo opté por una solucion un poco "drástica" y fué cargarme todo menos los que tenia en mi cuenta de gmail, después repasarlos uno por uno desde el PC y luego sincronizar el telefono con dicha cuenta.
Además, yo no se si a alguien mas le ha pasado, pero tengo instalado un Parrot MKI9000 en el coche y si tengo contactos en la SIM, aunque los tenga ocultos, el Parrot me los "encuentra", por lo tanto, cuando busco en la agenda del Parrot me los enuncia por duplicado.
A ver si alguien más nos puede iluminar!
Por cierto....me ha pasado lo mismo con la agenda de citas (duplicadas con las de facebook)