Ser root, vale la pena. Piensa que tienes, entre otras ventajas, muchas mas apps. disponibles.
Respecto a la actualizacion via OTA si eres root...pues no puedo asegurarlo, ya que he oido "de todo". Podremos "dar fe" cuando actualicemos a Froyo (que está al caer).
Y respecto a la garantía...si no eres Root (Universal Androot-unroot), no pierdes la garantía (para eso sirve el "unroot").
Saludos