Yo uso dos maneras de formateo...
La primera es con el Resco Explorer 2008, me situo encima de la carpeta Tarjeta de almacenamiento con el deedo o stylus dejandolo apretado hasta que salga el Sub-Menu en la cual tienes una opcion que dice Format
Y la otra es conectando la HD al PC en modo Disco Duro y lo formateo en FAT32 en el PC como si formatearas cualquier pendrive, puedes hacerlo en formateo rapido o formateo profundo...en tu caso haria el rapido para que haga un barrido general y luego con la HD le daria a Format para que haga uno profundo y cree las carpetas correspondientes.
Haz de saber que si entras en configuracion y le das a Borrar Memoria y luego marcas 1234 con la tarjeta dentro la propia HD formatea la tarjeta si no la has sacado fuera.