Correcto es problema del Launcher, aunque yo tengo la ultima actualización de Google Now Launcher y nunca me ha pasado con apps en memoria interna. Si con Apps movidas a SD.
Pero también he usado Nova y me ha pasado lo mismo con Apps movidas a SD.
Finalmente opte por no mover ninguna App a SD ya que tengo memoria interna "de sobra" y el rendimiento es mayor.