Teniendo instalado Nova Launcher Prime, existe la posibilidad de habilitar lo que quieres para la aplicacion que quieras (ademas puedes definir desde en que esquina quieres que aparezca del icono, hasta los colores con los que aparece el contador).
Para poder hacer esto, ademas del Nova Launcher Prime, necesitas tener instalado TeslaUnread Plugin.
Yo es el metodo que conozco. No se si existira alguno mas.