...por si ayuda.... veo que la versión del FlashTool que usas es la 0.6.9 (aún no existía el Xperia M), mejor bájate la última 0.9.18.5 :
http://www.flashtool.net/downloads.php
Instala los drivers correctos y vuelve a flashear la stock (yo tb tendría en cuenta si eres 1905 o 1904). Suerte!!
Edito: Ups... no había leido que ya has actualizado... marca todos los wipes en el flashtool.