La mejor copia de seguridad te la hace la Recovery, le haces el Backup/Nandroid en la microSD y copias y pegas todo el contenido de la microSD en una nueva carpeta en el PC, ya tienes las copias en el PC para tener espacio y eliminar la que tengas en la tarjeta, si la microsd es de la suficiente capacidad como para no molestar en ella no te hará falta eliminar.
El resto de copias de seguridad bajo mi puto de vista no merecen la pena ya que no son completas.