Lo mejor para cambiar roms y conservar aplicaciones es el Titanium Backup, te guarda las aplicaciones tal y como las tienes en ese momento, y al reinstalar en la nueva rom te deja el whatsapp con todas las conversaciones que tenías antes, las demás aplicaciones con las configuarciones que tenias... Si no sabes como funciona miralo antes y atento a que la carpeta de copias esté en la sd o en alguna partición que no se vaya por delante al hacer wipe porque si no no habrás hecho nada.