Yo lo descargue del foro de XDA, del creador de xposed rovo... y la instalacion ya lo has echo bien, se tiene que instalar la apk y luego flashear, o como lo has echo tu, flashear y luego instalar, supongo que de las 2 maneras funciona correctamente, y el problema que se tiene que instalar el zip y en kitkat no supongo que sera porque la propia app cuando la abres te pide instalar los scrips para hacer funcionar correctamente la app, que debe ser lo mismo que te instala el zip, que con la substitucion que se ah echo de usar dalvik en kitkat, a usar art en lollipop habia alguna incompatibilidad y ahora pos se tiene que hacer de esta manera hasta que el creador de xposed encuentre la solucion
Saludos!!