Tu en el PC, tienes una carpeta que se llama OneDrive, si borras algo ahí, lo estás borrando en la nube.
Si vas a mis documentos, y compartes un archivo con la nube (lo sube a tu OneDrive), y luego, desde el móvil, borras ese archivo de la nube, no borra el original que estaba en mis documentos. ¿Es esto lo que te preocupa?
Lógicamente, si borras algo en OneDrive desde un dispositivo, eso ya no lo verás en el OneDrive de ningún otro dispositivo, porque es el mismo contenido (ahí está la gracia).
Saludos.