Lo que tuve que hacer yo es copiar la carpeta de las copias de seguridad de helium y las guardas en un sitio seguro, luego borras los archivos de la carpeta original donde helium copio los datos, te bajas las aplicaciones otra vez y vuelves a hacer la copia de seguridad con helium, ahora sustituyes las nuevas copias por las que tenías guardadas en el sitio seguro y desinstalas las aplicaciones (esto creo que es opcional) y helium ya reconoce las copias de seguridad y restaurar.
A mi me funcionó así, es un coñazo pero es lo que tuve que hacer yo, suerte.