Hay más usuarios a los que también les pasa:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=977169
¿Usas la funda Quick Circle? ¿Llevas la versión 20H Lollipop?
En mi caso los problemas con la alarma parece ser que empezaron cuando actualicé a 20h y después de algunas pruebas y viendo que a otros usuarios con un restablecimiento de fabrica no se les ha solucionado, empiezo a sospechar de algún bug de la funda con la versión 20h. De momento llevo un par de días sin la funda y las alarmas me han funcionado perfectamente. También puede que sea incompatibilidad con alguna app.