Hablo de memoria porque nunca me ha pasado, pero para solucionar tu situación deberías flashear la JPU y a partir de ahí lo que quieras. Al tener parte del sistema de archivos en ext4, no flashea bien a no ser que hagas un repartition. Al hacerlo, vuelves a crear de nuevo particiones en rfs y desaparecen los problemas.
Resumiendo, flashea una ROM completa (la JPU) con repartition y toda la pesca y luego vete a por la JPY, la JS3, o la que te apetezca.

