Una cosa y los datos, carpetas... no se deben de borran manualmente ??
Es una cuestión que me ronda de siempre, hasta ahora siempre que cambio de ROM empiezo de zero,
he creado la partición ext, wipes, Rom...
Porque los he borrado manualmente y menudo cipote he liado, me faltaban cosas
Cuando te refieres a Wipe a todo :
Wipe ALL userdata
Wipe only /data
Wipe only /sd-ext
Wipe only /cache
Wipe only /Dalvik-cache

Un saludo