Lo comento aquí por si a alguien mas le pasa:
Despues de instalar Flashtool, al abrirlo sale un mensaje de error que te dice en ingles
Please move C:\Flashtool\firmwares Content to C:\Users\*****\.flashTool\firmwares
El caso es que hay que hacer lo que dice pero no copiando si no cortando o en su caso renombrando la carpeta vieja como .old
