Bueno, vamos a dar el tema por solucionado ya que encontré respuesta al fin entre XDA y el gran maestro Raziel77 y realizando unas comprobaciones tengo que darle la razón.

Cuando el S2 se apaga o reinicia, sea por algun cuelgue o porque lo hagamos nosotros, baja bruscamente el % de la bateria, pero no es real, ya que segun parece.. el S2 cuenta con un chip que informa de esos porcetajes y calibra la bateria o la información, y que aleatoriamente suele perder la información o fallar.

Si probais a reinstalar la rom y no se soluciona el problema, o limpiais o cambiais la placa del USB, o recalibrais y tampoco se soluciona... entonces no hay nada que hacer, vivir solo con ello puesto que no hay solución a la vista.

Si os dais cuenta, apagad el telefono... conectar el cargador y dejad que salga la animación de carga (ya saldrá mas alta normalmente) y en esos momentos, encended el movil... dejar que inicie por completo. Normalmente, vuelve a su porcentaje real o lo mas aproximado.

Conclusión, es así y hay que vivir con ello. Saludos y espero que sirva de ayuda a muchos.