Yo para los epub, me los convierto yo mismo, porque la mayoría de Epub que hay ya convertidos, no tienen índice de contenidos.
Los bajo en formato Word, y desde un programa que se llama Atlantis, los abro, y después formateo las secciones con Title1 y los capítulos con Title2. Después los exporto a formato Epub desde el mismo Atlantis.
Saludos.