El envío de tu terminal "estropeado" es gratis.
Si cuando ellos revisen tu móvil, ven que está perfectamente, no tendría ningún sentido que te cobren lo que te han retenido. Ellos te han mandado un terminal nuevo (o reparado) y tú les has mandado un terminal que funciona bien. En el peor de los casos te podrían cobrar una penalización, como por ejemplo los gastos de envío, o si tu móvil está en mal estado (pantalla rayada), pero lo dudo mucho. Otra cosa sería que le faltase por ejemplo el cargador, eso sí te lo podrían cobrar perfectamente.
Además, ellos saben que eso es un problema común del Nexus 5, no van a decir que has hecho un mal uso de la garantía porque el móvil les funcione un rato bien.