Te das cuenta de que has cascado varios párrafos y no has explicado nada de nada de lo que has hecho.
Primero deberías poner como esta ahora, que procesos has realizado para llegar hasta ahí, y a partir de aquí te podemos ayudar.
Yo después de leer lo que has escrito no se por donde empezar.
Si has hecho root y lo único que te pasa es que no te funcionan algunas aplicaciones, lo primero es volverlas a instalar y si eso no funciona hacer un hard reset y nuevamente volver a instalar