Hola!
Las nightlies son unas versiones beta que el servidor de CM hace toda las noches de manera automatica (de ahi ese nombre) y que incorpora todos los cambios hechos por los miembros del equipo.
Estas versiones son muy tempranas, anteriores incluso a una RC (release candidate) por lo que pueden tener muchos fallos, recordemos que aun no ha salido GB para nuestros N1.
Las versiones RC son bastante mas estables.
Las nightlies posteriores a una version RC o final son tan estables como estas pero llevan cambios minimos como para sacar otra version
Espero que haya quedado claro! ;)
salu2!