Por poder se puede todo
Primero necesitas una base, es decir, una ROM sobre la que construir. Elije una.
Luego, dirijete con un explorador root, a /raíz/data/app y copia esa carpeta a tu pc (esta carpeta contiene todos los app que has instalado por tu cuenta). Además de /raíz/storage/Android/data (Esta última carpeta contiene todos los datos de tus app).
Ahora desde el pc, extraes la ROM que has descargado al escritorio y creas una nueva carpeta renombrándola como "data". Dentro de ella sitúas la carpeta app que has copiado de tu tlf.
Ahora abres la carpeta META-INF y viajas hasta " update-script". Lo abres con el blog de notas y escribes dos lineas
/data mount (nosequemas que ahora no me acuerdo)
/data unmount
Por último, comprimes las 4 carpetas en un .zip y lo firmas con un signer.
Como ves el proceso es un poco complejo si entiendes poco del mundillo de la cocina, pero si sigues interesado, te puedo ayudar más detalladamente (sin ningún compromiso ;))
Sobre el tema del root, las betas ya llevan su propio root. Pero si aún así prefieres otro cliente como supersu, es mas cómodo descargarse el zip y flashearlo normalmente.
Los datos de las app ya los copiarías manualmente después de instalar la ROM en la misma ruta de la que la has sacado.
Pd: me he currado la explicación por si algun otro está interesado o le ha picado el gusanillo de como se hace.