Me ha pasado lo mismo, así que supongo que es un fallo general. Haz una cosa, que a mi me ha funcionado...

1. Dile que no haga nada, que lo deje como está.
2. Flashea el kernel anterior 4_6_5.
3. Activa el lagfix que quieras (en mi caso he puesto JFS).
4. Reinicia, te dejará ponerlo como si nada.
5. Flashea el kernel nuevo y activa la conversión de system a lo que quieras (en mi caso otra vez JFS para tenerlo todo igual ).
6. Reinicia y ya tienes el kernel nuevo con los lagfix y el system como toca.

Espero que te ayude esto...

Saludos!!!