Al flashear lo de los 3 botones no tienes que hacer copia de seguridad de nada, ya que solo se modifican los 2 ficheros de inicio del móvil.
Una vez con eso funcionando si es recomendable hacer copia de la carpeta EFS, ya que al instalar una ROM te lo puedo dejar corrupto y darte el IMEI genérico. Aunque si solo metes ROMs oficiales no tendrás ese problema.
La carpeta EFS solo vale para tu móvil, si metes la de otro móvil en el tuyo lo tomará como corrupto y te dará el IMEI genérico.