En principio se ha solucionado.
He utilizado el Battery Calibration, pero además he seguido el hilo de xda
http://forum.xda-developers.com/gala...ttery-t1312273 dejando mas de 3 minutos para que se "borre el chip interno" (textualmente).
No se cual de los métodos ha sido el que ha funcionado. El caso es que se ha solucionado, y al cambiar de batería figura la carga que debe (en principio) tener cada una de ellas.
Gracias blasje32.