Hola de nuevo,
Antes de nada gracias drv por responder.
Después de seguir con las pruebas, hacerle root al teléfono y mil historias he dado con el problema.
Si se cierra el whatsapp desde la lista de aplicaciones en segundo plano y se bloquea el teléfono las notificaciones no llegan, me explico, pulsando el boton central del movil un rato sale una lista con las aplicaciones en segundo plano, ya sea cerrando una a una o dándole a la brocha verde si quitas el whatsapp de la lista y bloqueas el teléfono no llega nada hasta volver a encenderlo.
No se que proceso mata el limpiador pero algo cierra que no debería.
Solución: Tener cuidado de no cerrar el whatsapp al hacer limpia de aplicaciones en segundo plano, esto no es nada elegante, pero creo que no se puede hacer nada sin meter mano al firmware en mi caso el v11 y eso se me va de las manos.
Si alguien con mas conocimientos en android se le ocurre algo..he pasado el whatsapp como aplicación del sistema y pasa lo mismo, tampoco he encontrado ningún programa para bloquear el whatsapp de manera que no se cierre con el limpiador.
Un saludo y perdón por el tocho, espero que le sirva a alguien que le suceda lo mismo y de palos de ciego buscando el problema.