Pues ya he llegado a casa y las pruebas van por buen camino.
Me he instalado este Kernel, Advanced Voodoo v666, (el que no tiene Sound, por error pero me ha venido bien para probar), y mediante "aplicar update .zip" he arrancado el CWM 2.5.1. Y desde ahí he subsanado el error y me he puesto correctamente el Advanced Voodoo v666
.1.
Osea, que lo que instale desde el "segundo" CWM se aplica de forma normal.
Esta tarde probaré a instalar alguna rom entera y os lo digo. Y a ver si encuentro algun *.zip en formato AMEND para confirmar que lo puedo instalar desde el "segundo" CWM sin problema.
Saludos.
PS. Ya tengo por defecto el CWM 3.
EDITO: Y con este Kernel se pueden volver a hacer Nandroid desde ROM Manager sin problema. Lo pongo aquí también