Buenas, en primer lugar, me parece que en CM 11 hay un updater via OTA, con el que las descargas al movil por wifi y ahi te lleva al custom recovery para instalarla, no es necesario ubicarla en la SD. Por otro lado, si es una nueva nightly o "build", es una instalación sucia, ya que es una actualización menor, por lo que solo deberías realizar wipe cache y wipe dalvik cache.
Eso es lo que creo que hay que hacer, de todos modos si estoy equivocado, que alguien rectifique la informacion que yo doy.