Buenas compi.
En principio los datos almacenados en la memoria interna o la SD no deberían eliminarse, pero aún así haz lo siguiente.
Si la copia de las apps la tienes en el almacenamiento interno o en la SD, podrías pasarla al PC (montando el USB desde Recovery y conectando el S2 al PC).
Una vez hecho, tendrías la copia de las apps a buen recaudo y podrías restaurar Nandroid.
Un abrazo, espero no estar equivocándome en algo básico!
