Buenas,
a mí me pasa algo parecido, pero no lo mismo. Al reinciar se me pierden un montón de iconos de acceso directo del escritorio. Por ejemplo, tengo en la 4ª pantalla 16 iconos de juegos. Reinicio, y me faltan 8 o 10 (varía). Y en las otras pantallas, lo mismo. Ah, también se pierde el fondo de pantalla de Ownskin. Los widgets, sin embargo, no me dan problemas.
¿Es posible que ocurra solo con programas movidos a la SD, que por algún motivo pierdan el enlace a su configuracion?
Tengo la 2.2 oficial Movistar (JP3) con root y lagfix (quitadas apps de MS), y el launcher TW original.