Pues mira, la otra noche estuve haciendo pruebas para ver lo mismo que comentas tú. Me di cuenta que el nandroid, no guarda Kernels, ni modems, ni nada de esas cosas. Quizás fuera obvio, pero no recuerdo haber leido sobre ello. Mi prueba fue pasar de la Doc Kitchen V7.1. al Froyo de Movistar. Se me quedó el Froyo 2.2 con el modem de la JPY y el Kernel Supermod que tenia anterior al nandroid (el K12I).
Resumiendo, que te instala la imagen encima de lo que tengas en ese momento. Veo que coincide con tu experiencia.