Yo tampoco soy experto en esto, por lo cual no creo poder responder tus dudas. Yo lo que haría es pasar por flashtools y utilizarlo así, sin instalar más e ir descartando.
¿Siguen los reinicios cuando lo flasheas desde cero?
Porque mi celular igual ha pasado varias veces por flashtools, pruebo las roms KK, LP y las de bootloader cerrado pero siempre termino regresando a la Stock (tengo bootloader desbloqueado) y lo único que le hago es lo siguiente:
-Hacerlo root con rootkit, el que está posteado por acá.
-Instalar el CWM para boot cerrado
-Deodexar
-Mod Cyber-shot
-Restaurar mis 20-30 apps a través de TB pro
Esto es todo lo que hago y no me ha dado problemas. En realidad es poco en comparación a lo que le haces al tuyo.
Eso de que aparece una nueva actulización teniendo ya la última igual a mi me aparece y es molesto, lo único que hago es congelar esa app con TB.