Hacer un "wipe dalvik cache" lo que hace es borrar todos los .odex que tuvieras generados de todas las apps que has usado hasta el momento (incluso el framework, de ahí que te digan que lo hagas) así que los tendrá que volver a generar, por eso tardará más en arrancar.
No toca nada más que eso, de todos modos, siempre ante la duda, nandroid backup y lo pruebas, que por lo que cuesta probarlo así, tienes la respuesta antes
y si hace algo que no te guste, restauras y se solucionó el problema
