Para que vaya bien del todo deberás restaurar el backup completo, prescindiendo únicamente de /data y /cache ya que /system y el boot.img son imprescindibles y necesitas ambas para regresar al backup correctamente, que Lollipop u otras ROMs pueden no tener el mismo boot.img y causar errores.
Resumen: restaurar siempre system y boot como mínimo.