Lo de meter el kernel stock por lo general es por si el modificado ha modificado cosas que otros necesiten. Por ejemplo, Franco Kernel cambiaba como el WLAN se trataba y por eso sacó su "WLAN_STOCK_Firmware" para flashear, si no, en teoría, no tendrías WiFi en otros kernel si instalabas Franco antes.
Ahora, prácticamente todas las ROM vienen con un kernel integrado, por lo que no necesitas flashear uno en particular si no quieres. Cada vez que actualices (por ejemplo, las nightlies de CM12), meterá el kernel de CM por lo que tendrías que reflashear el kernel deseado.
Lo de la cobertura posiblemente fuera un problema del modem, Boeffla tiene todos los modems flasheables por si te hacen falta en un futuro:
http://boeffla.df-kunde.de/bacon/modems
Por ejemplo, si metes el módem de la Alpha 5.0 de OnePlus, no puedes meter ROMs KitKat pues no son compatibles y te quedarías sin red. Habría que flashear en ese caso el "Full-XNPH44S-modem-flashable.zip" que incluye todo lo modificado por ese módem de la Alpha.