Con el Titanium puedes hacer copia de todo y restaurarlo con la nueva ROMs. Quizá el problema que tiene es que al ser muy potente (tiene muchísimas opciones) resulta un poco complejo de usar. Yo al principio antes de conocer el Titanium compré el MyBackupPro, que aunque caro, es muy sencillo de usar y con root permite hacer copia completa del sistema.
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