No se a que te refieres con meter la ROM stock sin el kernel, juraría es como mínimo imposible. Y no creo ni que hiciese falta meter el stock antes (suponiendo la primera afirmación que comentas) para poner otro kernel custom.
Flashea una ROM por toolkit, o flashea una ROM de Calkulin por recovery y a funcionar. Haz wipe cache, dalvik, data y system antes...pero no encuentro lógico tu proceso y problemas, la verdad.