He conseguido comprimir modem.bin JPP (de FOP libre española - XXJPB) en el formato tar y he flasheado solo el modem de FOP oficial en mi SGS por ODIN sin problemas, después de hacerle wipe data, ahora el GPS funciona perfectamente.
Edito: También he creado el archivo tar dentro de kernel original de JPY para ODIN, ya puedo flashear el kernel voodoo + CWM para hacer una copia de seguridad, luego volver a flashear el kernel original.