Tuve un problema similar al tuyo la semana pasada al entrar en el z4root me marcaba que esta linea "Running Exploit" y de ahi se salia e intentaba volver entrar a la aplicacion y ya no me dejaba,todo esto fue al intentar hacer JIT y pues por error borre ciertos archivos del PC Companion, y ya no pude reparar bla bla otra historia, mi unica solucion fue hacerle un Flasheo con Omius, la cual es una herramienta de paga, aproveche que habia una promocion de Navidad, y Flashee mi cel y quedo bien, eso si me lo regreso a Android 1.6 y pues tuve que hacer de nuevo el proceso de pasara 2.1.
Otra que puedes usar es mediante PC Companion en la opcion Reparar, o con SEUS aunque a mi me entra la duda que si actualize al nuevo Update que salio este mes, u otra es que hayas actualizado y tengas este update y por eso no te deje rootear, ya que por el momento no se puede.
Prueba estos paso que te digo y puede ser alguno el que te este dando lata.