Si se lo que me dices, pero para que me entiendas, imagina que CyanogenMod viene con Vending.apk (improvable ya que google no lo permite), pero cualquier usuario puede crear un mod de CM y añadirle cosas. Gapps es un addon con las ultimas app de google, CM es una base por lo tanto Vending no estará actualizado a la ultima versión si flasheamos en tu orden, por lo tanto nos quedaremos con la versión vieja...
Se perfectamente que en el caso de CM no hay problema (de momento) pero no está nada mal instruir a aquellos que no saben lo suficiente para que lo hagan de la manera correcta y que eviten así posibles problemas en el futuro con otras roms.