No es que lleve dos roms, es que tiene dos sistem, vamos, un dual boot como en un pc.
Puedes iniciar en system1 o en system2 y en ambas puedes llevar roms distintas.
Cuando haces una instalación por fastboot, lo que te hace es formatearte el móvil entero e instalarte la misma rom en ambos sistemas.
Edit: si no te ha borrado nada al reinstalar por fastboot, seguramente hayas hecho algo mal.